საკვლევი არეალების გაცნობის შემდეგ, ქართველი და უცხოელი 60-მდე ექსპერტი 6 თემატურ ჯგუფში განაწილდა. შეხვედრის დაწყებამდე უზრუნველყოფილი იყო სამუშაო ჯგუფების მოდერატორებისა და ასისტენტების წინასწარი აუდიენცია, განაწილდა მათი როლები, დადგინდა რეგლამენტები და დადასტურდა ძირითადი მოხსენებები. ჯგუფები გაიყო ორ სესიად, რათა კონფერენციის მონაწილეებს სხვადასხვა ჯგუფში დასწრების შესაძლებლობა მისცემოდათ. თემატურ ჯგუფებში მუშაობის მაქსიმალური ეფექტიანობის მისაღწევად, განსახილველი თემატიკა წინასწარ განისაზღვრა და დაეგზავნათ ექსპერტებს. ჯგუფებში მუშაობას წამყვანი ქართველი და უცხოელი ექსპერტები უძღვებოდნენ.
თემატურ ჯგუფებად სტრუქტურირება საქართველოს სივრცის დაგეგმარების გეგმის შემუშავების ფარგლებში, ყველა სისტემამაფორმირებელი თემის, მიმართულების, სექტორისა და დარგის პრობლემატიკის დაფარვის აუცილებლობით იყო განპირობებული.
